Horný rad zľava : Róbert Kaid, Peter Baďura, Radovan Konoradský, Tomáš Tóth, Ján Baranovič, Marek Tureček, Eugen Kmeť, Peter Julíny
Dolný rad zľava : Radoslav Urban, Milan Šagát, Martin Podhradský, Róbert Kupka, Andrej Polák

Posledné ročníky federálnej ligy sa družstvo Kúpeľov umiestňovalo v druhej polovici tabuľky. Od roku 1993 sa začala samostatná éra Slovenska, do ktorej piešťanci po získaní nového sponzora posilnili družstvo o legionárov a hotovali sa zaútočiť na najvyššie priečky v ligovej tabuľke. Hoci počet legionárov v družstve sa zastavil až na čísle 8 a družstvo dokázalo vyhrávať aj nad svojimi najväčšími súpermi z Novák, ČH Košice a Slávie UK Bratislava , v konečnom účtovaní vo vyrovnanej súťaži vždy obsadili len štvrté miesto. . Po troch takýchto ročníkoch a nenaplnených medailových ambíciach skončila trpezlivosť sponzorov, legionári z družstva odišli rovnako ako tréner Baďura. Reprezentant tomáš Tóth prestúpil do bratislavskej Slávie UK.

Významná bola po 28-tich rokoch účasť v európskom pohári LEN v roku 1993. Družstvo cestovalo za súpermi do Španielskeho Sabadellu, kde sa okrem domáceho družstva stretlo aj s BVSC Budapešť a Ethnikos Aténa. Na svojich súperov však nestačiloDružstvo sa predpadlo do novovzniknutej II.ligy, kde účinkovalo až do opätovnej reorganizácie súťaží.Funkcionári klubu stáli pred úlohou postaviť nové družstvo, pretože z nádejných dorastencov zo začiatku desaťročia mnohý pre nedostatok príležitostí v družstve nabitom legionármi s aktívnou činnosťou skončili resp. venovali sa iným záujmom. Mládežnícke družstvá boli na pokraji zániku.

V tejto desaťročnici sa pristúpilo aj k zmenám v termínoch súťaží a vodnopólové súťaž sa miesto tradičného systému od mája do konca septembra posunuli na obdobie od decembra do júna. Týmto zásahom riadiaceho orgánu prišli Piešťany aj o možnosť vidieť zápasy v domácej vode. Vnútorný bazén nespĺňal podmienky pravidiel a tak sa domáce zápasy hrali na krytom 50 m bazéne v Šali. Medzinárodné kontakty sa zúžili na výmenné zápasy s družstvami Maďarska a Nemecka.

Príjemným osviežením tréningov a postupne aj súťaží v bazénoch bolo formovanie ženského družstva v Piešťanoch a založenie celoslovenskej súťaže. V roku 1991 sa pod vedením trénera Petra Berlanského začala trénovať skupina bývalých plavkýň a už od nasledujúceho roka sa zapojili do súťaže. Pri družstve sa postupne vystriedali aj Ivan Kolárik a Ján Baranovič a družstvo sa postupne dopĺňalo ďalšími hráčkami. Od roku 1995 sa vytvorilo aj družstvo dorasteniek.

Družstvo žien sa za silnými Košičankami umiestňovalo striedavo na medailových priečkach, prípadne 4. mieste. Hráčky Jana Koláriková, Michaela a Monika Čamborové a Michaela Mišurová patrili do ženskej reprezentácia a v roku 1993 sa predstavili aj na Majstrovstvách Európy v anglickom Sheffielde.